La fundación Milenario San Salvador de Oña, comienza a gestarse en el año 2002, durante la legislatura de Berta Tricio por entonces Alcaldesa de Oña. Durante ese año, se redactan los estatutos, aunque hasta Julio de 2007 no se constituyen en el registro de fundaciones de la Junta Castilla y León.

Dicha fundación la forman 4 entidades fundacionales, que son: Ayuntamiento de Oña, Parroquia de Oña y las asociaciones culturales el Cronicón y Amigos de San Salvador, las cuales aportan los 6 patronos iniciales. Por el Ayuntamiento figuran el alcalde de Oña, Jose Ignacio Castresana, y la concejala Araceli Bárcena (tesorera de la Fundación); por la Parroquia de Oña está Daniel Gómez; María Jesús Crespo participa por la Asociación del Cronicón; Berta Tricio es vicepresidenta de la Fundación y por la Asociación. de Amigos de San Salvador está Alvaro Gallo que también es presidente de la Fundación.

Al margen de estos 6 Patronos iniciales, hay otras 3 personas escogidas por su vinculación a Oña. En este caso están como vocales Agustín Lázaro López, Eduardo Rojo Diez, Lourdes Sainz Barcena y como secretario de la Fundación, Emilio José Moro.
La Fundación es una organización de carácter cultural. Los objetivos son, la promoción cultural, investigacion, conservación y restauración referido al patrimonio cultural y artistico de Oña y nace como homenaje y celebracion de los mil años del nacimiento del Monasterio de San Salvador, que funda el conde Sancho Garcia segun Carta fundacional del 12 de Febrero de 1011. La Fundación quiere darse a conocer al publico e instituciones y a la sociedad en general de una forma rapida y sencilla

A tal fin, se crea una memoria ambiciosa de actividades que se ponen en conocimiento con, Nuclenor, Camara de Comercio, Diputación de Burgos, CEDER Merindades, Junta de Castilla y León, Arzobispado de Burgos, Universidad de Burgos, Caja Burgos, Caja Circulo y Ayuntamiento de Pamplona (en razón a que en el Monasterio oniense está enterrado el rey Sancho III el Mayor, el más importante de los monarcas de Navarra y que fue señor de Castilla durante aprox. 40 años).

Memoria de actividades
La memoria consta de varias actuaciones entre las que se encuentra como pieza identificativa la creación de un logotipo obra de Jorge Santos Oquina.
Otro aspecto que se contempla, es la divulgación científica, a través de los cursos de verano realizados en los años 2008, 2009 y que finalizan este 2010. Tendrá como colofón a estos cursos la edición de un Congreso Internacional, en septiembre del 2011, planteado en torno a la historia y al patrimonio artístico y cultural, todo ello con la colaboración de la Universidad de Burgos.

Por otro lado se firmó un convenio de cooperación cultural con Nuclenor (aportó 23.841 euros) para financiar una beca de investigación, por la cual se está haciendo la catalogación del Archivo parroquial de Oña.

Más actividades importantes son, la realización de una escultura de bronce del Conde Sancho García, fundador del Monasterio, encargada al escultor Bruno Cuevas, la emisión de un Sello conmemorativo del milenario de Oña que editará Correos en Noviembre de 2010, la creación de un DvD Promocional sobre Oña, la emisión en Oña del programa de Radio Nacional de España, "No es un Día cualquiera" en enero del 2011, edición de libros divulgativos sobre el pasado de Oña, representación teatral de la obra sobre Sancho Garcia escrita por Zorrilla en 1842, así como la Misa conmemorativa el 12 de Febrero del 2012.

Una de las principales inquietudes de la Fundación, es la conservación del patrimonio oniense. En este momento y gracias al Plan Director del monumento declarado BIC, se están analizando las intervenciones que se aborden en el futuro. Para este 2010 y dando continuidad a pasadas restauraciones, hay previsto que comience una nueva restauración, a cargo de la Junta de Castilla y León.

Importante es la firma de un convenio de colaboración entre la Fundación Milenario de San Salvador y la Consejeria de Cultura y Turismo en diciembre del 2009.

El broche del Milenario de San Salvador, lo pondrán Las Edades del Hombre en 2012.
"Tenemos que dar gracias a la Consejería de Cultura y Turismo y a la Fundación Las Edades del Hombre, por haber elegido al Monasterio de San Salvador de Oña para presidir esta importante exposición. Es una forma de acercar nuestro patrimonio a todos los turistas que nos visiten. Nos dará una proyección enorme y nos pondrá con letra grandes en el mapa de España", apunta Alvaro Gallo.